内々神社は「延喜式」神名帳に記載されるいわゆる「式内社」であり、景行天皇の41年に創建されたとされる。
伝承では、日本武尊の東征に随行した主祭神であるタケイナダネノミコトは、駿河の海で落水し絶命した。
それを伝え聞いた日本武尊が「ああうつつ（現）かな」と歎いたことが社名の由来となっているとされている。